RPG hra Warhammer 40,000: Rogue Trader využíva priamo pravidlá table top hry Rogue Trader. Hráč si tu vytvorí vlastnú hlavnú postavu a spolu s mnohými spoločníkmi - ako napríklad dôstojník, inkvizítor, vesmírny mariňák alebo napríklad tajomný psyker, bude rozhodovať o podobe sveta okolo seba. Môže si dokonca v istých prípadoch privlastňovať celé planéty.
Na hráča čaká v hre Warhammer 40,000: Rogue Trader cestovanie vesmírom vo vlastnej lodi. Ďalej bohatý systém bojových aj diplomatických schopností, vetvené dialógy a rozhodovanie s následkami a tiež systém morálky a riešenia vzťahov so spoločníkmi s možnosťou rôznych romancí. Ťahový súbojový systém je obohatený o RPG prvky a je len na hráčovi, akú synergetickú partiu si vytvorí.